ในการศึกษาด้านชีววิทยาระดับโมเลกุล ได้มีนำเอากานามัยซินมาใช้เป็นสารในการแยกแบคทีเรีย (E. coli) ที่ถูกพัฒนาสายพันธุ์ขึ้น (เช่น การใช้พลาสมิด) เพื่อให้ดื้อต่อยากานามัยซิน (ส่วนใหญ่เป็นยีนที่สร้างเอนไซม์ Neomycin phosphotransferase II; NPT II/Neo) โดยแบคทีเรียที่ได้รับการดัดแปลงสายพันธุ์ วึ่งมีพลาสมิดที่มีส่วนยียที่ดื้อต่อกานามัยซินอยู่ภายในเซลล์จะถูกชุบด้วยกานามัยซิน (ความเข้มข้น 50-100 ug/ml) ในจานเพาะเชื้อ หรือปล่อยให้เจริญเติบโตในอาหารเลี้ยงเชื้อที่มีส่วนผสมของกานามัยซิน (ความเข้มข้น 50-100 ug/ml) ซึ่งท้ายที่สุดแล้ว จะมีเฉพาะเชื้อแบคทีเรียที่ได้รับการตกแต่งสารพันธุกรรมเท่านั้นที่สามารถเจริญเติบโตในสภาวะดังกล่าวได้